Po zwycięstwie nad Bowserem Mario może na chwilę odetchnąć… ale tylko na chwilę. Nadchodzi nowe zagrożenie: Wario łączy siły z Bowserem Jr., a ich plan jest prosty – przejąć władzę i narobić zamieszania na całego. Mario rusza do akcji razem z ekipą przyjaciół, a na scenę wchodzi też wyczekiwany Yoshi.
Druga część stawia na to, co działało najlepiej: przygodę, humor, tempo i widowiskową animację. Do tego dochodzą niespodzianki dla fanów każdej ery Mario, masa smaczków i easter eggów, które będzie się wyłapywać w tle. To seans, który ma bawić i tych, którzy wychowali się na Nintendo, i tych, którzy dopiero odkrywają ten świat.