Sonic, Knuckles i Tails ponownie jednoczą siły, by stawić czoła nowemu, potężnemu przeciwnikowi – tajemniczemu Shadowowi. Shadow, dysponujący niezwykłymi mocami, stanowi wyzwanie, jakiego drużyna jeszcze nigdy nie doświadczyła. Aby go powstrzymać i ocalić planetę, bohaterowie muszą nawiązać niespodziewany sojusz, który może przesądzić o losach świata.